안녕하세요!
문장 내에서 일부 단어나 어절을 색상, 밑줄, 굵기 등 시각적으로 강조할 경우
문장 부호도 포함해야 하는지 궁금해 질문을 올리게 되었습니다.

예를 들어

우리말 배움터의 배움터 교실에는 배움터, 글쓰기 교실,
평가, 어문 규정 등의 메뉴가 있다. 그 중에서 내가 제일 많이 이용하는 건 한글의 역사!

라는 문구에서 '글쓰기 교실'과 마지막 '한글의 역사'를 다른 색으로 강조하고 싶을 때
각 단어 뒤에 붙은 쉼표와 느낌표도 강조표현을 함께 적용해야하는 것인가요?

말씀하신 부분은 정해진 바는 없습니다.

그러나 문장부호를 제외하고, 강조하고 싶은 단어나 구절 위주로 시각적인 효과를 주는 것이 일반적이니, 참고하시기 바랍니다.