죄송합니다. 우리 기관장이 동급의 다른 기관장에게 협조문을 작성할 때 “검사항목을 충분히 숙지하고.”라고 썼을 때 명령이 아닐까요?

'-고'가 종결어미로 쓰일 때, 위의 상황에서는 말하는 사람 자 신이 한 말에 더 내용을 덧붙여 말하며 뒤에 올 말을 생략할 때 씁니다. 무언가 생략된 듯하면서 부드럽게 명령하는 뜻을 나 타냅니다. 친구 관계나 그 밖에 아주 친한 사이에서 또는 말하 는 사람보다 아랫사람에게 일반적으로 쓰는 표현입니다. 제시해주신 상황에서는 동급이라 할지라도 협조문을 작성하는 것이므로 예를 갖추어 씀이 적절해 보입니다.

그러면 "숙지하고"를 "숙지하여주시고" 라고 쓰면 명령어가 안 될까요?

말씀하신 내용은 부드럽게 명령하는 뜻으로 친한 사이에서 아랫 사람에게 쓸 수 있는 표현입니다. 하지만 협조문에 쓰는 것이라면, 문서에 예를 갖춰 완결된 종결 어미를 써서 표현함이 좋을 듯합니다. '숙지하여 주시기 바랍니다.' 등으로 씀이 적절합니다.